Né en 1950 à Austin au Texas, Joe Johnston s'établit à Los Angeles au milieu des années 60 et fait ses études à l'université de Long Beach et à l'Art Center College of Design. Il travaille d'abord comme illustrateur commercial, graphiste et peintre-décorateur, puis contribue au story-board de La guerre des étoiles. Il s'oriente alors vers une carrière cinématographique et assure pendant sept ans la direction artistique de l'atelier d'effets spéciaux de LucasFilm, puis Industrial Light and Magic. Il y dessine notamment Yoda, le vieux maître Jedi de L'Empire contre-attaque, ainsi que les "snow walkers" de ce même film, et remporte en 1981 l'Oscar des Meilleurs effets visuels pour Les aventuriers de l'arche perdue. Il achève sa contribution à la trilogie Star Wars en dessinant les Ewoks et les cyclomoteurs futuristes du Retour du Jedi avant de retrouver George Lucas et Steven Spielberg sur Indiana Jones et le temple maudit, pour lequel il conçoit divers trucages et effets visuels. En 1984, à l'âge de 34 ans, Johnston entre à l'Université de Californie du Sud pour s'initier à la réalisation. De 1986 à 1989, il occupe divers postes sur des productions Lucas, dont L'aventure des Ewoks de John Korty et Willow de Ron Howard. En 1989, il réalise enfin son premier film, Chérie, j'ai rétréci les gosses, qui devient l'un des plus grands succès populaires du moment. Il supervise ensuite les séquences aériennes avec maquettes d'Always de Steven Spielberg et réalise encore pour Lucas l'épisode "Princeton 1916" de la série "Les aventures du jeune Indiana Jones". En 1991, il réalise son second film, Rocketeer, rocambolesques aventures d'un super-héros d'après un comics des années 50avec Bill Campbell, Jennifer Connely, Alan Arkin et Timothy Dalton, puis en 1995 Jumanji avec Robin Williams, l'une des premières expériences des effets spéciaux de la nouvelle génération (celles des morphings et autres incrustations numériques) où des animaux de synthèse étaient mêlés à des prises de vues réelles. En 1999, il délaisse provisoirement les effets spéciaux à outrance pour tourner Ciel d'octobre, une chronique des années 50 sur des jeunes habitants d'une petite ville minière des Etats-Unis qui voient dans le rêve de la conquête spatiale un moyen de s'évader de la triste réalité. Retour aujourd'hui avec des animaux d'un autre âge, ceux de Jurassic Park III, puisque que Joe Johnston reprend le flambeau des aventures du fameux site B d'Isla Sorna, où s'étaient réveillées d'affreuses créatures préhistoriques.
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