Michael Aguilar et le scénariste-producteur Dean Georgaris ont monté en 2003 la société Penn Station Entertainment, qui a rapidement attiré à elle certains des meilleurs jeunes scénaristes de Los Angeles et mis en chantier des projets comme : un remake de The Crazies de George Romero, écrit par Scott Kosar ; une adaptation du comic-book de Steve Niles "Aleister Arcane" ; "Area 51", par Dean Georgaris ; "Semi-Pro", par Scot Armstrong, avec Will Ferrell ; un remake du Convoyeur signé Andrew Kevin Walker ; "Stain" d'Albert Torres, réalisé par Mark Pellington.
Diplôme de la Phillips Exeter Academy et du Kenyon College, Aguilar travailla comme directeur de création chez Paramount Pictures, sur des films comme Volte/Face, Une nuit au Roxbury et Event Horizon : le vaisseau de l'au-delà. Il dirigea ensuite pendant six ans la société de production de Lauren Shuler Donner et Richard Donner, où il supervisa le développement de la franchise X-Men et de l'Enfer du dimanche d'Oliver Stone.
Michael Aguilar a aussi produit pour Touchstone Snow, Sex and Sun et coproduit Prisonniers du temps de Richard Donner.
En 2005, il était producteur exécutif sur le thriller Constantine de Francis Lawrence, avec Keanu Reeves, Rachel Weisz et Djimon Hounsou. Il a ensuite coproduit le film oscarisé Les Infiltrés de Martin Scorsese et produit la comédie familiale Enfants non accompagnés de Paul Feig.
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