Né en Allemagne, de parents allemands, Josef et Adele Fassbender, Michael Fassbender déménage très jeune avec toute sa famille pour aller vivre en Irlande, à Killarney. Il commence à jouer à 16 ans au sein d'une classe de théâtre dirigée par Donie Courtney, qui l'invite ensuite à rejoindre sa troupe. Après cela, il intègre la Central School of Speech and Drama qui l'aide à apprendre l'art véritable du théâtre.
Michael Fassbender fait sa première apparition à la télévision dans la célèbre série Frères d'armes produite par Tom Hanks et Steven Spielberg. Il joue ensuite dans de nombreuses séries anglaises ou bien des téléfilms tels que Sherlock Holmes ou Hercule Poirot.
Sa carrière est définitivement lancée au cinéma en 2007, grâce au mélodrame romantique Angel de François Ozon aux côtés de la pétillante Romola Garai mais surtout grâce au péplum épique de Zack Snyder 300. En 2008, Steve McQueen (le réalisateur, pas l'acteur) lui offre la tête d'affiche de son nouveau film Hunger, un drame sur la grève de la faim dans les prisons en 1981 en Irlande du Nord. Le film est acclamé au Festival de Cannes. Cette expérience permet à Michael Fassbender de tourner sous la direction de Joel Schumacher dans Town Creek et de tenir le rôle du sombre Heathcliff dans Les Hauts de Hurlevent. Il rencontre par la suite Quentin Tarantino, qui, enchanté par ses dernières prestations, lui offre un rôle dans Inglorious Bastards en 2009, aux côtés de Brad Pitt, Mike Myers et Diane Kruger.
La même année, l'acteur change à nouveau de registre en partageant l'affiche de Fish Tank, un drame centré sur une adolecente rebelle (Katie Jarvis) passionnée par la danse hip hop, avant de retourner au genre cinématographique de 300, en jouant le personnage principal du péplum Centurion, réalisé par Neil Marshall (The Descent). Il change ensuite d'époque en 2011, mais reste dans le grand public, en intégrant l'écurie Marvel. Dans X-Men Le commencement de Matthew Vaughn, il est Magneto jeune et est confronté à son meilleur ennemi, le professeur Xavier (James McAvoy). Un duel qui préfigure celui que met en scène David Cronenberg dans A Dangerous Method, sur les relations troubles entre les psychanalistes Carl Jung et Sigmund Freud (Viggo Mortensen).
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