Né en 1960 à Stockholm, Michael Nyqvist a été adopté quand il était bébé. A 17 ans, il effectue sa première expérience théâtrale, lors d'un programme d'échange avec un lycée américain, où il joue un petit rôle dans la pièce Mort d'un commis voyageur, d'Arthur Miller.
De retour en Suède, il s'essaye au ballet, avant de revenir au théâtre à l'âge de 19 ans en intégrant la prestigieuse Swedish Academic School of Drama. Une fois son diplôme en poche, Michael Nyqvist alterne entre des prestations théâtrales et des petits rôles dans des films et téléfilms scandinaves. C'est en 2000 qu'il se fait réellement remarquer au cinéma, en interprétant un mari violent dans Together, mis en scène par le réalisateur de Fucking Åmål (Lukas Moodysson). Le film est un succès à la fois commercial et critique, et sa performance ne passe pas inaperçue.
Fort de ce succès, le comédien enchaîne ensuite des rôles plus importants dans des films plus connus, tels que Der Typ vom Grab nebenan en 2002 (pour lequel il remporte un Guldbagge Award, une récompense très prestigieuse en Suède), As it is in heaven en 2004 (nommé à l'Oscar du meilleur film étranger en 2005), Suddenly en 2006 ou The Black Pimpernel en 2007. Depuis les années 2000, les prestations de Michael Nyqvist ont plusieurs fois été récompensées dans divers festivals, contribuant à faire de lui l'un des comédiens les plus populaires du pays.
En 2009, il interprète le personnage principal dans Millénium, le film, premier épisode d'une trilogie adaptée des romans de Stieg Larsson. Le film est un succès international, faisant plus d'un million d'entrées en France et rapportant pas loin de 85 millions de dollars dans le monde. L'année suivante sort en salles le second volet de cette saga (Millénium 2 - La Fille qui rêvait d'un bidon d'essence et d'une allumette), où le personnage du journaliste de Mikael Blomkvist est à nouveau au centre de l'intrigue. Parallèlement à sa carrière cinématographique, l'acteur endosse ce même rôle pour la série Millenium, dans laquelle il retrouve Noomi Rapace, sa partenaire des deux films adaptés de la célèbre trilogie.
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